Mahasiswa merupakan salah satu komponen penting dalam proses perkuliahan di Perguruan Tinggi. Terciptanya lulusan yang berkualitas, disamping harus melalui proses perkuliahan yang berkualitas, juga dimulai terlebih dahulu pengenalan visi dan misi IAIN Kudus, Visi dan Misi Pascasarjana, masing-masing Prodi serta sebaran-sebaran mata kuliah yang akan ditempuh selama studi. Dengan proses awal pengenalan dengan istilah Matrikulasi ini, maka mahasiwa akan mengetahui secara  keseluruhan apa dan bagaimana IAIN Kudus pada Pascasarjana Magister (S.2 ) nya.

     Disamping itu juga diberikan pemahaman siapa dan bagaimana Mahasiswa S.2 itu sendiri di IAIN Kudus. Setelah melalui proses seleksi penerimaan mahasiswa baru, para mahasiswa baru ini dikenalkan dengan kehidupan kampus, misalnya bagaimana menjalani proses perkuliahan, bersosialisasi dengan sesama mahasiswa, mengerjakan serangkaian tugas perkuliahan dan lain-lain. Kegiatan pengenalan terhadap kehidupan perkuliahan ini dikemas dalam sebuah kegiatan yang bernama matrikulasi mahasiswa baru strata dua.

     Melalui kegiatan matrikulasi ini, mahasiswa dapat mengambil banyak pelajaran, yang nantinya akan diterapkan untuk meningkatkan kedisiplinan di dalam mengikuti perkuliahan. Jadi bukan hanya sekedar perkenalan lingkungan akan tetapi juga mengetahui mata kuliah – mata kuliah apa saja yang akan diperoleh selama mengenyam studi di Pascasarjana IAIN Kudus serta relevansinya dengan kebutuhan stakeholder di masyarakat baik ssaat ini maupun pada masa yang akan datang. Kegiatan yang dibuka oleh Rektor IAIN Kudus Dr. H. Mudzakir, M.Ag., Wakil Rektor I, Ka Unit TIPD, Ka Unit Perpustakaan  dan seluruh jajaran pejabat di Pascasarjana.